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Mike Szegedy

mike**[ta]**eszegedy.com

Julius Tarng

針修復，舊金山，加利福尼亞州

dantasse**[ta]**.edu

Pratyush Tewari

tewari.pratyush**[ta]**il.com

KeVon Ticer

Kjticer**[ta]**il.com

歐文彤

owen.tong11**[ta]**il.com

安娜•特納

annaturn**[ta]**rew.cmu.edu

凱瑟琳•福格特

kvogt9**[ta]**il.com

路易絲Vongphrachanh

louiv**[ta]**.edu

Mike Vu

emailmikevu**[ta]**il.com

Liz Wagstaff

elizwagstaff**[ta]**il.com

艾拉•沃爾什

awalsh**[ta]**rew.cmu.edu

Chris Wang

chriswang**[ta]**.edu

雪莉王

sqwang03**[ta]**il.com

蒂芙尼王的形象

tiffanyrwang**[ta]**il.com

王曉月

xiaoyuewang.wxy**[ta]**il.com

Eliane Wiese

stampfer**[ta]**cmu.edu

412-268-***

紐厄爾 - 西蒙廳***

Jason Wiese

猶他大學

wiese**[ta]**.edu

華盛頓大學信息學院副教授，CS＆Engineering副教授

行政管理人員

Jo Bodnar

行政助理

jobodnar**[ta]**cmu.edu

412-268-***

學院支持

vincent.aleven**[ta]**cmu.edu

koedinger**[ta]**.edu Google學者

jstamper**[ta]**cmu.edu

紐維爾 - 西蒙廳***

HCII部門負責人助理

412-268-***

forlizzi**[ta]**cmu.edu Google學者

紐厄爾 - 西蒙廳***

Indra Danti

本科課程經(jīng)理

indras**[ta]**cmu.edu

412-268-***

行政協(xié)調(diào)員

412-268-***

bam**[ta]**cmu.edu Google學者

scott.hudson**[ta]**cmu.edu Google學者

james.morris**[ta]**.edu

紐維爾 - 西蒙廳***

marian**[ta]**cmu.edu

412-268-***

chinmayk**[ta]**cmu.edu

bmclaren**[ta]**cmu.edu Google學者

dps**[ta]**cmu.edu

johnz**[ta]**cmu.edu Google學者

紐厄爾 - 西蒙廳***

412-268-***

chris.harrison**[ta]**cmu.edu Google學者

jasonh**[ta]**cmu.edu Google學者

凱倫•哈倫

通信專家

kharlan**[ta]**cmu.edu

412-268-***

Queenie Kravitz（HNZ'13）

HCII博士課程副主任

qkravitz**[ta]**cmu.edu

412-268-***

詹妮弗•麥克弗森

MHCI項目協(xié)調(diào)員

jmcpherson**[ta]**cmu.edu

412-268-***

南克雷格街300號，206室

Lindsay Olshenske

就業(yè)流程經(jīng)理

lwray**[ta]**cmu.edu

412-268-***

412-268-***

dabbish**[ta]**.edu Google學者

kiesler**[ta]**cmu.edu

robert.kraut**[ta]**.edu Google學者

martil**[ta]**.edu Google學者

jpuglisi**[ta]**cmu.edu

412-268-***

nkittur**[ta]**cmu.edu

aeo**[ta]**cmu.edu Google學者

lrhercki**[ta]**rew.cmu.edu

瑞安•里斯

業(yè)務經(jīng)理

ryanries**[ta]**cmu.edu

412-268-***

紐厄爾 - 西蒙廳***

校友/企業(yè)關系協(xié)調(diào)員

stanleyj**[ta]**cmu.edu

412-268-***

妮可威利斯

MHCI學生事務主任

nicolewi**[ta]**cmu.edu

412-268-***

南克雷格街209號

技術(shù)人員

John Antanitis

研究助理

jantanit**[ta]**rew.cmu.edu

高級研究員

本•麥克拉倫

benjamin.maclaren**[ta]**cmu.edu

Nathan McKenzie

研究員II

伊麗莎白McLaughlin

科學技術(shù)專家

Octav Popescu

octav**[ta]**.edu

412-268 ***

彼得•沙爾登布蘭德

pschalde**[ta]**cmu.edu

Jonathan Sewall

項目總監(jiān)

sewall**[ta]**rew.cmu.edu

412-268-***

紐維爾 - 西蒙廳***

辛迪自卸車

紐維爾 - 西蒙廳2602G

瑪麗亞湯普魯

項目科學家

伊夫林Yarzebinski

eey2**[ta]**cmu.edu

米哈伊爾Yudelson

訪問研究員

yudelson**[ta]**cmu.edu

412-268-***

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計算生物學系

什么是計算生物學？

現(xiàn)代生物學正處在一個范式轉(zhuǎn)變的過程中

Robert F. Murphy

計算生物學系主任

計算生物學是回答“我們?nèi)绾螌W習和使用從實驗測量構(gòu)建的生物 系統(tǒng)模型”的問題的科學。這些模型可以描述由特定的核酸或肽 序列進行的生物學任務，哪個基因（或哪些基因）當表達產(chǎn)生特 定的表型或行為時，基因或蛋白質(zhì)表達或定位中的哪些序列變化 導致特定的疾病，以及細胞組織的變化如何影響細胞行為。這個 領域有時被稱為生物信息學，但許多科學家使用后一個術(shù)語來描 述回答“我如何有效地存儲，注釋，搜索和比較來自生物測量和 觀察的信息？”這個問題（這個問題以前由NIH早期工作組報告和 勞爾Isea。

一些因素造成了這些術(shù)語之間的混淆，包括計算生物學的頂級期 刊之一被稱為“生物信息學”的事實，以德語為例，計算機科學 被稱為“informatik”，計算生物學被引用就像“生物信息學”一樣。有些人也覺得生物信息學強調(diào)生物學的信息流動。無論如 何，這兩個領域是緊密聯(lián)系的，因為通常需要“生物信息學”系 統(tǒng)來提供數(shù)據(jù)給創(chuàng)建模型的“計算生物學”系統(tǒng)，并且這些模型 的結(jié)果通常被返回以存儲在“生物信息學”數(shù)據(jù)庫中。

計算生物學是一門非常寬泛的學科，它試圖為不同類型的實驗數(shù) 據(jù)（如濃度，序列，等）和生物系統(tǒng)（如分子，細胞，組織，器官等）建立模型。并且它使用來自廣泛的數(shù)學和計算領域（ 例如，復雜性理論，算法，機器學習，機器人等）的方法。

或許計算生物學家進行的最重要的任務（在計算生物學應配備預 期計算生物學家做培訓）是框架生物醫(yī)學問題作為計算問題。這 通常意味著以一種新的方式來看待一個生物系統(tǒng)，挑戰(zhàn)當前關于 系統(tǒng)各部分之間關系的假設或理論，或者整合不同的信息來源，形成一個比以前嘗試的更全面的模型。在這種情況下，值得注意 的是，主要目標不一定是增加人們對系統(tǒng)的理解; 即使小的生物 系統(tǒng)也可能足夠復雜，科學家無法完全理解或預測其性質(zhì)。因此，目標可以是模型本身的創(chuàng)建; 該模型應盡可能多地考慮當前可 用的實驗數(shù)據(jù)。請注意，這并不意味著該模型已被證明即使模型 對新的實驗做出了一個或多個正確的預測。隨著非常有限的情況 下的例外，它無法證明該模型是正確的，只是為了反駁它，然后 提高通過修改納入新的結(jié)果吧。

這個觀點強調(diào)了機器學習在構(gòu)建模型中的重要性。在大多數(shù)當前 的機器學習應用中，統(tǒng)計和計算方法被用來從大的現(xiàn)有數(shù)據(jù)集構(gòu) 建模型，并且這些模型被用于處理新的數(shù)據(jù)。例如學習分類垃圾 件，啟用指紋訪問您的手機，并識別人類的語音。但是，越來 越多的機器學習應用程序在初始培訓后不會停止學習。他們可以 從額外的數(shù)據(jù)中獲取數(shù)據(jù)，甚至可以選擇他們希望學習的額外數(shù) 據(jù)。這最后一個領域被稱為主動機器學習，它有望在未來幾年在 生物醫(yī)學研究中發(fā)揮非常重要的作用。

一旦問題出現(xiàn)，計算生物學家的第二個主要任務就開始了。這是 借用，改進或發(fā)明方法來解決問題。目前的計算生物學研究可以 分成許多廣泛的領域，主要基于分析或模擬的實驗數(shù)據(jù)的類型。其中包括蛋白質(zhì)和核酸結(jié)構(gòu)和功能，基因和蛋白質(zhì)序列，進化基 因組學和蛋白質(zhì)組學，種群基因組學，調(diào)節(jié)和代謝網(wǎng)絡，生物醫(yī) 學分析和建模，基因 - 疾病關聯(lián)以及疾病的發(fā)展和傳播。

5000福布斯大道GHC 7725，賓夕法尼亞州匹茲堡1***

help**[ta]**.cmu.edu

www.cbd.cmu.edu

計算生物學教育項目清單

卡耐基梅隆大學教育項目

計算生物學系提供本科，碩士和博士水平的精英學位課程。要了 解更多關于我們的課程，請參閱我們的教育頁面。

下面，你會發(fā)現(xiàn)在其他機構(gòu)的計算生物學/生物信息學和相關領域，如生物統(tǒng)計學和生物數(shù)學的學位課程的鏈接。如果您知道以下 未列出的課程，請通知我們，我們很樂意提供此課程的鏈接。

美國本科生計算生物學/生物信息學課程

貝勒大學生物信息學 新澤西理工學院生物信息學 UC圣克魯斯生物信息學

楊百翰大學生物信息學 俄亥俄州立大學生物醫(yī)學信息學 UMass洛厄爾計算機科學與生物化學信息選項

Canisius學院生物信息學 新澤西州Ramapo學院生物信息學 亞利桑那大學生物信息學

卡耐基梅隆大學計算生物學 倫斯勒理工學院生物信息學 與分子生物學 內(nèi)布拉斯加大學奧馬哈生物信息學

克拉夫林大學生物信息學 羅徹斯特理工學院生物信息學 北愛荷華大學生物信息學

克拉克大學數(shù)學生物學和生物信息學 羅文大學生物信息 學 匹茲堡大學生物信息學

哈維Mudd數(shù)學和計算生物學 圣愛德華大學生物信息學 得克薩斯大學埃爾帕索分校生物信息學

愛荷華州生物信息學和計算生物學 圣文森特學院生物信息學 弗吉尼亞聯(lián)邦大學生物信息學

洛約拉大學芝加哥生物信息學 史蒂文斯理工學院化學生物 學與生物信息學濃度 伍斯特理工學院生物信息學和計算生 物學

馬凱特大學生物信息學 布法羅大學生物信息學和計算生物學

密歇根理工大學生物信息學 加州大學圣地亞哥生物信息 學重點為生物工程，生物學，化學或計算機科學

美國本科生物統(tǒng)計學課程

楊百翰大學生物統(tǒng)計學 賓夕法尼亞州立大學生物統(tǒng)計學 北卡羅來納大學教堂山分校生物統(tǒng)計學

布朗大學生物統(tǒng)計學 圣路易斯大學生物統(tǒng)計學 新墨西哥 大學生物統(tǒng)計學

肯特州立大學生物統(tǒng)計學，環(huán)境健康科學和流行病學

美國研究生計算生物學/生物信息學課程

洛約拉大學生物信息學 辛辛那提大學生物醫(yī)學信息學 波士頓大學生物信息學 馬凱特大學生物信息學

科羅拉多大學丹佛分�；�因組學與生物信息學 布蘭代斯 大學生物信息學 新澤西理工學院生物信息學 特拉華大 學生物信息學

布朗大學計算生物學 紐約大學生物醫(yī)學信息學 喬治亞大 學生物信息學 卡耐基梅隆大學計算生物學

北卡羅來納州立大學功能基因組學 愛達荷大學生物信息學和計 算生物學 哥倫比亞大學生物醫(yī)學信息學 北卡羅來 納州立大學生物信息學

路易斯維爾大學生物信息學 康奈爾大學計算生物學與醫(yī) 學（與威爾康奈爾醫(yī)學院和紀念斯隆凱特林癌癥中心） 東北大學生物信息學 UMass洛厄爾計算機科學生物/化學信 息選項

德雷克塞爾大學生物醫(yī)學科學與生物信息學的濃度 西北大學 生物信息學 孟菲斯大學生物信息學 杜克大學遺傳學和 基因組學

俄勒岡州健康與科學大學生物信息學和計算生物學 明尼蘇達 大學羅切斯特生物信息學和計算生物學 杜克大學計算生物 學和生物信息學 羅徹斯特理工學院生物信息學

北卡羅萊納大學教堂山生物信息學和計算生物學 佛羅里達 州立大學生物數(shù)學 羅文大學生物信息學 北卡羅來 納大學夏洛特分校生物信息學和基因組學

喬治梅森大學生物信息學和計算生物學 斯坦福大學生物醫(yī) 學信息學 內(nèi)布拉斯加大學林肯分校計算機科學與生物信 息學專業(yè) 喬治城大學生物信息學

天普大學生物信息學 內(nèi)布拉斯加大學奧馬哈生物醫(yī)學信息 學和生物信息學 佐治亞理工學院生物信息學 阿肯色大 學小石城生物信息學

賓夕法尼亞大學基因組學與計算生物學 大谷州立大學醫(yī)學 和生物信息學 布法羅大學生物信息學和生物統(tǒng)計學 匹茲堡大學計算生物學

哈佛大學生物與生物醫(yī)學科學系 加州大學伯克利分校計算生 物學 田納西大學基因組科學與技術(shù) 印地安那大學布盧 明頓生物信息學

加州大學河濱分校遺傳學，基因組學和生物信息學 托萊多大 學生物醫(yī)學科學與生物信息學專業(yè) 印第安納大學 - 普渡大學印 第安納波利斯生物健康信息學 加州大學圣迭戈分校生物信 息學和系統(tǒng)生物學; 生物醫(yī)學信息學

弗吉尼亞聯(lián)邦大學生物信息學 愛荷華州立大學生物信息學 和計算生物學 加利福尼亞大學舊金山分校生物與醫(yī)學信息學 圣路易斯華盛頓大學計算和分子生物物理學; 計算和系統(tǒng)生物學; 分子遺傳學和基因組學

約翰霍普金斯大學生物信息學 加利福尼亞大學圣克魯斯分 子生物工程與生物信息學 伍斯特理工學院生物信息學和計算生 物學 肯恩大學生物技術(shù)

美國研究生生物統(tǒng)計學課程

布朗大學生物統(tǒng)計學 肯特州立大學生物統(tǒng)計學，環(huán)境健康 科學和流行病學 麻省大學阿默斯特生物統(tǒng)計學

加利福尼亞州東灣生物統(tǒng)計學 密歇根州立大學流行病學和 生物統(tǒng)計學 北卡羅來納大學教堂山分校生物統(tǒng)計學

紐約市立大學流行病學和生物統(tǒng)計學 俄亥俄州立大學生 物統(tǒng)計學 華盛頓大學生物統(tǒng)計學

哥倫比亞大學生物統(tǒng)計學 賴斯大學生物統(tǒng)計學 范德比爾 特大學生物統(tǒng)計學

杜克大學生物統(tǒng)計學 亞利桑那大學流行病學和生物統(tǒng)計學 華盛頓大學圣路易斯人類與統(tǒng)計遺傳學

喬治華盛頓大學流行病學和生物統(tǒng)計學 布法羅大學生物信 息學和生物統(tǒng)計學 耶魯大學生物統(tǒng)計學

約翰霍普金斯大學生物統(tǒng)計學 加州大學洛杉磯分校生物統(tǒng) 計學

希爾曼中心

計算生物學系位于卡耐基梅隆大學主校區(qū)希爾曼未來世代技術(shù)中心的七樓，緊鄰匹茲堡奧克蘭附近的福布斯大道。希爾曼中心是 蓋茨 - 希爾曼綜合體的一部分，卡耐基梅隆計算機科學學院是 2012年美國建筑學院建筑學院榮譽獎得主。

希爾曼中心是由亨利•L•希爾曼基金會（Henry L. Hillman Foundation）慷慨捐贈的1000萬美元贈予的。

計算生物系包括教師，學生和工作人員的辦公室，以及會議室和 充足的中央實驗室空間。它提供了奧克蘭天際線的廣闊景色。

博士 校友

薩利姆喬杜里

博士 計算生物學

2010年8月 - 2015年2月

普林斯頓大學Olga Troyanskaya研究組博士后

顧問：Russell Schwartz博士

論文：腫瘤進展的進化模型重建算法

路易斯•佩德羅•科埃略

科埃略

2007年8月 - 2011年9月

博士后研究員，皮爾•博克集團，歐洲分子生物學實驗室（EMBL ）。

顧問：Robert F. Murphy博士

網(wǎng)址：http://www.luispedro.org/

論文：使用和其他信息來源模擬亞細胞定位模式的空間

羅斯E.柯蒂斯

柯蒂斯

2008年8月 - 2011年12月

計算生物學家，祖先DNA

顧問：Eric Xing博士

論文：使用可視化和自動化加速遺傳學發(fā)現(xiàn)

Geet Duggal

Geet Duggal

-Ph.D. 計算生物學

2012年8月 - 2014年12月

高級科學家，DNANexus

顧問：Carl Kingsford博士

網(wǎng)址：http: //www.**etduggal.com/

論文：確定DNA高階三維結(jié)構(gòu)的算法及其與基因調(diào)控的關系

大衛(wèi)•法羅

2012年8月 - 2016年6月

軟件工程師，Google

顧問：Roni Rosenfeld博士

論文：建立流感過去，現(xiàn)在和未來的模型

Darya Filippova

2010年9月 - 2015年7月

羅氏制藥公司羅氏測序單元首席科學家

網(wǎng)站：http: //www.**.cmu.edu/~dfilippo/

論文：生物數(shù)據(jù)中顯著亞結(jié)構(gòu)的識別，可視化和壓縮算法

格雷戈里R.約翰遜

Gregory R. Johnson博士

2012年8月 - 2016年1月

機器學習科學家，艾倫細胞科學研究所

博士論文：細胞成分組織的衍生模型

雅各約瑟夫

2006年8月 - 2012年8月

卡耐基梅隆大學軟件工程研究所法醫(yī)分析師

顧問：Dannie Durand博士

網(wǎng)站：http://www.**oseph.org/

論文：關于同源基因家族的鑒定和調(diào)查，特別強調(diào)多域家族的準 確性

沙巴卡德里

2007年8月 - 2012年1月

生物信息學，基因組學和分子病理學的研究中心情報，芝加哥大 學

顧問：博士。Veronica Hinman和Panayiotis（Takis）Benos

網(wǎng)站：http://www.**bahkadri.com/home.html

論文：miRNA在發(fā)育中的調(diào)控

約翰康

博士 在計算生物學

2009年8月 - 2013年8月

匹茲堡大學醫(yī)學院醫(yī)學系學生

顧問：Drs。Philip LeDuc和Russell Schwartz

論文：與形態(tài)學和力學轉(zhuǎn)導有關的肌動蛋白細胞骨架力學的時 空模型

Joshua Kangas

2008年8月 - 2013年1月

首席科學官，定量醫(yī)藥，LLC。

博士論文：主動學習藥物發(fā)現(xiàn)

Byoungkoo李

2005年8月 - 2009年8月

喬治亞州立大學數(shù)學與統(tǒng)計學系博士后

顧問顧問：Russell Schwartz博士

論文：擁擠條件下結(jié)合化學的隨機離格點模擬

馬俊

2008年8月 - 2014年5月

研究科學家，亞馬遜

顧問：Joel Stiles博士，Ntahan Urban博士

論文：神經(jīng)肌肉接頭處突觸小泡釋放的定量模擬

Suvrajit Maji

博士后研究員，約阿希姆弗蘭克實驗室，哥倫比亞大學

顧問：馬塞爾Bruchez博士

論文：對生物結(jié)構(gòu)的超分辨率單分子顯微生成模型